โรงพยาบาลนพรัตน์ราชธานีนั้นได้ ถือกำเนิดขึ้นในประเทศด้วยการใช้งบประมาณของทางรัฐบาลโดยโรงพยาบาลนั้นได้ ตั้งอยู่เลขที่ 109 ถนนรามอินทรา กิโลเมตรที่ 12 แขวงคันนายาว เขตบึงกุ่ม กรุงเทพมหานครโดยชื่อโรงพยาบาลชานพระนครเมื่อในต่อมานั้นมีการได้รับพระมหา กรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชซึ่งตั้งชื่อให้เป็น โรงพยาบาลนพรัตน์ราชธานี ตามหนังสือสำนักราชเลขาธิการ รล.0002/3081 ในวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2525
ในระยะแรกนั้นในปี พ.ศ. 2511-2519 กรมการแพทย์ของทางกระทรวงสาพารณสุขได้ทำการดำเนินแผนงานเพื่อทำการพิจารณา การก่อสร้างโรงพยาบาลชานพระนครสี่มุมเมือง ตามคำสั่งของรัฐเพื่อสกัดกั้นผู้ป่วยจากทั่วภูมิภาคและเขตรอบนอกชานพระนคร ที่ได้เดินทางเข้ามารักษาภายในโรงพยาบาลใจกลางพระนคร ซึ่งมีปัญหาเรื่องการเดินทางด้วยพาหนะโดยทำให้เดินทางไม่สะดวก กรมการแพทย์นั้นได้ทำการแต่งตั้งคณะกรรมคณะขึ้นมา เพื่อทำหน้าที่ศึกษาค้นคว้าข้อมูลและนำเสนอโครงการทั่วไปเกี่ยวกับการก่อ สร้างโรงพยาบาลชานพระนครทั้งสีมุมเมืองให้ทางกระทรวงสาธารณสุขได้รับรู้ ข้อมูลตามแผนที่ได้ทำการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ เพื่อให้สภาพัฒนานั้นได้ทำการพิจารณาต่อไปว่าทำทำการยังไงต่อและสมควรที่จะ พัฒนาในรูปแบบไหนซึ่งการก่อสร้างครั้งนี้ได้มีการทำงานอย่างเต็มที่เพื่อที่ จะให้รูปแบบออกมาดีแล้วไม่มีเรื่องบกพร่อง เพราะเรื่องพวกนี้ต้องทำให้ถูกแผนและจะทำผิดไม่ได้เพราะถ้าผิดอย่างใดอย่าง หนึ่งรูปแบบนั้นจะเปลี่ยนแปลงทันทีโดยที่เป็นโครงการใหญ่โครงการหนึ่ง
กระทรวงสาธารสุขอ อนุมัติการก่อสร้างเพื่อให้กรมการแพทย์นั้นได้ดำเนินการก่อสร้างโรงพยาบาล ชานพระนครซึ่งเป็นแห่งแรกที่อยู่ในสี่มุมเมืองโดยการนี้มีสภาบริหารปฏิวัติ อนุมัติให้บริษัท สภาปนิกเจนสกล ธนารักษ์ จำกัด ซึ่งบริษัทนี้ได้ออกแบบและควบคุมการก่อสร้างทั้งหมดของโรงพยาบาลพระนคร หนังสือที่ ฝศส.002/670 ในวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ.2515 นายแพทย์ เชิด โทณะวณิก อธิบดีกรมการแพทย์ ท่านเป็นผู้ที่มีการมองที่กาลไกล ซึ่งท่านได้คิดไว้แล้วว่าอนาคตนั้นต้องมีการขยายตัวเมืองออกมาอย่างที่มอง ไว้แน่นอนเพราะเป็นพื้นที่บริเวณนี้มีโรงงานอุตสาหกรรมมาก เช่น มีนบุรี ลาดกระบัง บางกะปิ หนองจอก เป็นต้น เป็นสายหลักที่มีประชาชนหนาแน่นและเป็นที่ต้องการของประชาชนแน่นอน